Colonul, sau intestinul gros, este canalul colector al corpului. El elimina reziduurile neutilizabile actionand ca un burete, pompand apa si minerale in circuitul sangvin. In plus fata de bacteriile probiotice, intestinul mai gazduieste si niste fermenti si ciuperci utile, care ajuta la inmuierea scaunului, contribuind eficient la eliminarea reziduurilor.

Pe masura ce hrana digerata ajunge in colon, majoritatea materialului fluid a fost extras. Colonul este foarte sensibil. Orice leziune, operatie, sau alt stres, inclusiv supararile emotionala si gandirea negativa, pot schimba bacteriile si capacitatea sa generale de a functiona bine si eficient. Digestia incompleta pregateste terenul pentru dezechilibrul intestinal in tractul digestiv.

O digestie dificila in intestine impiedica adesea o descompunere corespunzatoare a proteinelor. Proteinele digerate partial, nefolositoare pentru corp, mai pot inca sa fie absorbite in sange, iar sub aceasta forma, ele nu servesc altui scop decat de a hrani microorganismele, crescand cantitatea de reziduuri pe care o produc acestea. Fragmentele de proteine stimuleaza deasemenea o reactie a sistemului imunitar.